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La iglesia formó parte del Convento de la Orden de Recoletos Descalzos de Nuestra Señora de la Merced, dedicada a la redención de cautivos y que fue construido a principios del siglo XVII bajo el patronazgo de la Casa de Medina Sidonia. Es de estilo manierista, movimiento artístico que surgió en Italia en el siglo XVI, caracterizado por la sofisticación, el artificio y la complejidad, alejándose de las normas del Renacimiento clásico. Dicen los expertos en arte que sus rasgos distintivos incluyen la distorsión de la figura humana, el uso de colores poco naturales, composiciones inestables y un énfasis en la elegancia y la tensión en lugar de la armonía y el equilibrio. Esta iglesia cerró al culto en 1955, fue abandonada y expoliada hasta que Luisa Isabel Álvarez de Toledo y Maura, XXI duquesa de Medina Sidonia, conocida cariñosamente como “la duquesa roja” lo cedió al Ayuntamiento de Sanlúcar en el año 1979 a fin de que fuese restaurado y pudiese ser dedicado a usos culturales. 
Foto anterior a 1955, aún conservaba sus pinturas de Roelas. (Catálogo Monumental de España - Provincia de Cádiz) Fotografía realizada hacia 1907-1909, de autor desconocido. Antes de la cesión y para evitar un expolio y destrozos mayores la duquesa gran parte de la imágenes, mobiliario y cuadros fueron trasladados a su cercano palacio y residencia de medina Sidonia junto a la iglesia de Nuestra Señora de la O. Excepto el altar mayor que fue entregado a la Cartuja de Jerez. Así mismo lo indica José Carlos García Rodríguez en su artículo sobre La Merced, bien documentado con fotografías obtenidas por
Alberto Palau a finales del año 1960 En la década de 1990 el edificio fue restaurado y desde entonces
es auditorio municipal |
(cinco años después de haberse cerrado la iglesia al culto), en el que matizaba que se podía apreciar que los altares habían sido desposeídos de sus pinturas cuyo destino fue el el monasterio de La Cartuja de Jerez y el vecino Palacio Ducal de Medina Sidonia cuya titular, Luisa Isabel Álvarez de Toledo y Maura era, a su vez, propietaria de esta iglesia de la Merced. Entre los cuadros que poseía el templo destacaban su magnífica colección de pinturas del artista de origen flamenco